گروه گیاهپزشکی با نام دپارتمان حشره شناسی در سال 1340 باورود آقایان دکتر سید حسین حجت و دکتر سیاوش تیرگری در ملاثانی در یک اطاق بنام آزمایشگاه حشره شناسی تاسیس شد. این هسته کوچک اولیه بسیاری از دانشجویان وقت را به این رشته علاقمند نمود. در آن زمان فارغ التحصیلان دانشکده کشاورزی دانشگاه جندیشاپور تحصیلات دوره چهار ساله خود را با عنوان مهندسی کشاورزی عمومی به اتمام می رساندند و دپارتمان حشره شناسی سه درس در همین زمینه به تمام دانشجویان ارائه می نمود. همزمان نیز دپارتمان جداگانه ای بنام بیماریهای گیاهی به سرپرستی آقای دکتر عبدالقیوم ابراهیمی سرویس درس قارچ شناسی و بیماریهای گیاهی را به تمام دانشجویان ارائه می داد. در آزمایشگاه بیماریهای گیاهی دروس دیگری مثل گیاهشناسی توسط مرحوم دکتر صحت نیاکی ودرس زیست شناسی توسط دکتر هاخمن ارائه می گردید.

با تاسیس ساختمانهای دانشگاه جندیشاپور در محل کنونی واقع در کوی گلستان، درسال 1352  دپارتمانهای بیماری شناسی گیاهی و حشره شناسی درهم ادغام و گروه گیاهپزشکی در راهرو خاکشناسی کنونی (بصورت مشترک با گروه خاکشناسی) تاسیس گردید. اولین مدیریت گروه گیاهپزشکی بعهده آقای دکترعبدالقیوم ابراهیمی بود. درسال 1353 در بخش حشره شناسی ، آقای دکتر حجت (دانشیار) و دکتر کریم کمالی(استادیار) و در بخش بیماریها آقایان دکتر ابراهیمی (دانشیار) و آقای واهه میناسیان(استادیار) تدریس دروس مربوط را بصورت سرویس ارائه می نمودند. در همین سال آقای واهه میناسیان جهت ادامه تحصیل به آمریکا عزیمت نمودند.

درسال 1354 گروه گیاهپزشکی به محل اصلی کنونی منتقل شد و در همین زمان 3نفر از بورسیه های این گروه پس از دریافت مدرک دکترا از کشورهای انگلیس و استرالیا همکاری خود را با گروه گیاهپزشکی از سر گرفتند.

 با آغاز همکاری مجدد آقایان دکتر محمد سعید مصدق و دکتر کمیلی بیرجندی در بخش حشره شناسی و آقای دکتر نورالدین هابیلی در بخش بیماریها گروه گیاهپزشکی علاوه بردانشجویان کارشناسی در دو گرایش حشره شناسی کشاورزی  و بیماریهای گیاهی ، در سال 1355 در سطح کارشناسی ارشد نیز در دو رشته حشره شناسی و بیماریهای گیاهی مبادرت به پذیرش دو دانشجو نمود. در این زمان یک آزمایشگاه حشره شناسی و دو آزمایشگاه بیماریهای گیاهی(قارچ و ویروس) مورد استفاده قرار می گرفت. از مزارع گروههای باغبانی و زراعت نیز برای کارهای تحقیقاتی و پژوهشی استفاده می شد.

 طی  سالهای 1361 تا 1364 آقایان دکتر کمیلی بیرجندی و دکتر نورالدین هابیلی با عزیمت به خارج از کشور همکاری خود را با گروه گیاهپزشکی قطع کردند. طی دهه­های1370 و 1380 آقایان دکتر کریم کمالی، دکتر عزیزالله علیزاده، دکتر مسعود شمس بخش و دکتر سید علی موسوی جرف از این گروه به دانشگاه تربیت مدرس منقل شده اند. در سال 1381 آقای دکتر سید حسین حجت، در سال 1382 آقای دکتر واهه میناسیان و در سال 1386 آقای دکتر ابراهیم سلیمان نژادیان باز نشسته شدند ولی همکاری خود را با گروه گیاهپزشکی تا کنون ادامه داده اند. از سال 1340 تا کنون مدیرانی کارهای اداری و آموزشی این گروه را بعهده داشته اند که اسامی آنها در جدول زیر نشان داده شده است.

نام، رشته تحصیلی و دوره مدیریت  مدیران گروه گیاهپزشکی از سال 1352 تاکنون